По территории района протекает 114 рек общей протяженностью 2193 км. Реки и ручьи длиной менее 10 км составляют 94,4% от общего числа рек.
Запасы
Район является наиболее крупным поставщиком подземных вод. На территории района сосредоточено 58,3% утвержденных эксплуатационных запасов подземных вод области и на его долю приходится 75% всей извлекаемой воды. Прогнозные ресурсы подземных вод составляют в Томском районе 2552,3 тыс. м3/сут., утвержденные эксплуатационные запасы – 516,91 тыс. м3/сут. Показатели прогнозных эксплуатационных запасов приблизительны, так как степень разведанности составляет 22,18%. В районе эксплуатируется 5 месторождения подземных вод. Наиболее крупное из них – месторождение Томское, расположенное на территории Обь – Томское междуречья.
Потоки использования
Забор воды из подземных горизонтов и поверхностных источников в Томском районе осуществляется в следующих соотношениях: подземный горизонт – 90%; пруды – 0,04%; р. Б. Киргизка – 5,6%; р. Томь – 2,6%; р. Басандайка – 0,8%; р. Каменка – 0,02%; р. Ушайка – 0,009%; р. Черная Речка – 1,04%. Основными направлениями потока использования воды являются:
На территории района ежегодно используется 38,5 – 44,6 млн. м³ поверхностных вод, наибольшее количество их забирается г. Томском (в основном для производственных нужд).
Ежегодно на территории Томского района добывается 83-86 млн. м3 артезианской воды, что составляет 14 –15% от утвержденных эксплуатационных запасов. Забор воды из подземных источников осуществляют Томский район и г. Томск, причем последний потребляет 90,7% общего объема добываемой воды. Таким образом, Томский район является экспортером подземной воды для г. Томска.