Томский район – богатая полезными ископаемыми территория области. Здесь распространены месторождения угля, песков строительных, белой глины (кирпичная и керамическая), крупные месторождения песчано – гравийной смеси, минеральных вод, полудрагоценных камней; месторождения редкоземельных металлов (сурьмы, цинка), титана, бокситов, циркония, золота и т.д
Запасы
В районе насчитывается 136 месторождений общераспространенных полезных ископаемых и 15 месторождений полезных ископаемых других видов. В настоящее время эксплуатируется 57 месторождение. Крупные месторождения песчано – гравийной смеси разведаны на рр. Томи, Оби, Яе. Месторождения камня строительного сосредоточены на юге района, но их небольшое количество. Месторождения песков строительных открыты в долинах Оби, Томи, Чулыма и их притоков. На Туганском месторождении кварцевых песков сосредоточена одна треть всех разведанных запасов стекольных песков страны. Также там встречается каолин (белая глина).
Торф. В районе известно 79 месторождений торфа. Разрабатываемый фонд включает 11 месторождений. Общий запас торфа – более 200 млн.т.
Сапропель. Бальнеологическую ценность имеют сапропели оз. Кирек в Обь – Томском междуречье. Общие запасы составляют около 1 млн. м3.
Минеральные воды. В районе имеются запасы углекислых, содовых и хлоридно – натриевых вод.
В целом по району наблюдается стабильный уровень добычи полезных ископаемых за последние три года. Кроме того, многие месторождения подготавливаются к освоению в настоящее время. Лицензии выданы на разработку 63 месторождений, из них 43 на общераспространенные полезные ископаемые.